虽然从上述不难看出其巨大的优势，但是以缺陷也是不可忽视的。企业自营的这种模式会带来一种成本——体化成本。随着企业的规模不断增大，其主要业务上的收益会逐级的递减，换句话说，当企业内部组织更多的交易的时候，其花费也会逐级的提高。同时应该看到，企业逆向物流的自营是一种高度专业化的模式，其设备和人的配置只是处理种类数量有限的产品，设备的利用率不高，产品种类和数量的限性可能又会导致规模不经济，而且为了进行这个模式企业要花大量的费用在人员的培训，机械设备的购买和回收设施的构建上，必将对企业的财政造成巨大的风险，所以逆向物流的自营性模式不是适用于所有的企业，特别是当一个企业在短期内面临人员，资金，设备，技术上的短缺是，更不应该是用这种模式。
